基本原理:
当细胞在非变性条件下被裂解时，完整细胞内存在的许多蛋白质-蛋白质间的相互作用被保留了下来。此时，如果用蛋白质X的抗体免疫沉淀X，那么与X在体内结合的蛋白质Y也能被一起沉淀下来。这是因为抗体和抗原之间的结合是特异性的，抗体只会与其对应的抗原结合，而不会与其他无关的蛋白质结合。通过这种方式，可以将与目标蛋白质结合的蛋白质一起沉淀下来，即我们常说的把整个蛋白质复合物从溶液中拉下来(pull-down)，从而研究它们之间的相互作用。实验应用
免疫共沉淀技术的作用:
1.确定两种蛋白质在完整细胞内的生理性相互作用。通过免疫共沉淀技术，可以检测并确定在生理条件下蛋白质之间的相互作用，这有助于深入了解蛋白质的功能和调控机制。
2.用于测定两种目标蛋白质是否在体内结合。通过免疫共沉淀实验，可以验证两种目标蛋白质在体内是否存在结合关系，为进一步的功能研究提供基础。
3.确定一种特定蛋白质的新的作用搭档。当对某一特定蛋白质的功能和相互作用了解不足时，可以利用免疫共沉淀技术寻找与其结合的新的蛋白质，从而揭示其在细胞内的新的功能和调控网络。
4.分离得到天然状态的相互作用蛋白复合物。免疫共沉淀技术可以保留蛋白质之间的天然相互作用状态，因此可以用于分离得到天然状态。的相互作用蛋白复合物，为后续的结构和功能研究提供材料。
免疫共沉淀技术的优点:
1.操作流程较为简便，不需要事先制备大规模蛋白表达文库。
2.可以研究具有修饰的目的蛋白。
3.能够对间接相互作用的蛋白进行捕获，比如对蛋白复合物的多种成分进行鉴定。
免疫共沉淀技术的缺点:
1.检测不到低亲和力和瞬时的互作。
2.不能判断直接互作或是间接互作。
3.需要再实验前预测目的蛋白，已选择特异的检测抗体。可以提前预测是否互作(蛋白相互作用验证数据库:NCBI、UniProt、GeneCards、STRING)
4.有可能因为多种非特异性吸附带来假阳性结果，因此需要严格的对照。
5.缺少组织特异性。
其它蛋白互作研究方法(可以弥补Co-IP的不足)
1.直接相互作用:Pull-down、酵母双杂交。
2.高通量荧光检测:BiFC(双分子荧光互补实验)
3.低亲和力和瞬时的互作:FRET(荧光能量转移技术)、FLIM-FRET、交联后的Co-IP。
实验术语
Input:全细胞裂解液，也就是阳性组，即裂解样本后得到的细胞样品;在做IP实验之前，预留部分裂解液作为Input，WB确认样本中是否含有蛋白A和蛋白B。
IB:免疫印迹(Western Blotting)，用于检测目的蛋白。
IP:即免疫沉淀，为了纯化富集目的蛋白。若后面跟着蛋白名称，即为与磁珠结合的抗体。
Anti-X:X蛋白的免疫共沉淀抗体
IgG:Anti-X的同型对照抗体，即跟Anti-X同种属来源，若Anti-X是鼠源，则lgG对照抗体需要选择MouselgG。
操作流程（以细胞样本为例）：
1、细胞裂解和蛋白提取 2、准备阳性对照Input 3、IP抗体结合蛋白 4、免疫共沉淀Co-IP 5、准备IgG阴性对照 6、蛋白洗脱WB免疫印迹分析
结果解读
