1. 克隆质粒
克隆载体主要用于目的基因片段的克隆、扩增、保存以及测序验证，属于基础骨架质粒。它标配复制起点、多克隆位点（MCS）和抗性筛选标记，可以在大肠杆菌中自主复制，结构简单。 它的核心定位：只负责大量扩增 DNA 片段，不用于蛋白表达。 代表载体 pUC18：搭载 pBR322 来源的高拷贝复制起点（ori），在大肠杆菌内拷贝数可达数百；搭配氨苄抗性 AmpR 用于细菌筛选，同时带有 lacZα 序列，支持蓝白斑筛选，快速区分空载质粒和插入目的片段的重组质粒，是分子克隆里最经典的基础载体。
2. 表达质粒
表达质粒经过人工改造，可以在宿主细胞中转录、翻译，驱动外源基因产生 mRNA 与目标蛋白。核心必备元件：启动子、转录终止子、多克隆位点；还可搭配增强子、标签序列、筛选标记、复制原点，提升表达效果、方便后续检测与阳性筛选。 根据宿主体系，分为原核表达质粒和真核表达质粒：
- 原核表达质粒：宿主为大肠杆菌，多用于体外重组蛋白诱导、纯化。常用 T7 启动子、lac 启动子，依靠 IPTG 诱导表达；
- 真核表达质粒：作用于哺乳动物细胞、动植物细胞，常用于细胞水平基因过表达、基因功能验证。常用 CMV、EF1α 等真核启动子。
3. 穿梭质粒
穿梭质粒搭载两套及以上复制原点、适配不同宿主的筛选标记，能够在两种甚至多种宿主体系中稳定复制。 简单理解：可以跨宿主使用。 标准操作流程：先在大肠杆菌里完成基因克隆、质粒扩增与提取，再将纯化质粒转入真核细胞做表达和功能验证，实现 “细菌扩增、真核表达”，极大提升载体构建效率。 我们常接触的大部分真核表达质粒、酵母双杂交载体、慢病毒转移载体，都属于穿梭质粒。例如 pcDNA3.1 (+)-eGFP，既有 pBR322 ori、AmpR 在大肠杆菌扩增，又有 SV40 ori、CMV 启动子、Neo 抗性，支持哺乳动物细胞表达。
4. 病毒载体质粒
病毒载体质粒以改造后的病毒基因组为骨架，属于基因递送类载体。剔除病毒致病相关基因，只保留包装、整合、转录所需的顺式元件（LTR/ITR 等），替换成我们的目的基因表达盒；需要搭配辅助质粒提供衣壳、聚合酶、包膜蛋白等反式因子，才能组装成病毒颗粒，依靠病毒天然侵染能力，高效把基因送入细胞。 常见亚型： ✅ 慢病毒载体（pLKO.1、pLVX）：基于 HIV 改造，可整合进基因组，适合稳转细胞株构建； ✅ AAV 载体（pAAV 系列）：依靠 ITR 序列，安全性高，适合动物体内递送； ✅ 腺病毒载体：不整合基因组，适合瞬时高表达； ✅ 逆转录病毒载体：仅能感染分裂期细胞。 广泛用于体内外基因功能研究、稳转株构建、CRISPR 递送、基因治疗相关研究。
5. 报告基因质粒
报告基因质粒搭载 GFP、荧光素酶 Luc、LacZ、SEAP 等易于检测的报告基因。一般将报告基因放在待研究的启动子、增强子、miRNA 靶序列下游，报告基因的信号强弱，可以间接反映调控元件活性、信号通路激活状态。 检测荧光、发光值、酶活、显色结果，就可以定量监测分子调控事件，pGL3-basic 荧光素酶载体就是这类载体的典型代表，大量应用于启动子活性、双荧光素酶报告实验。
6. 基因编辑质粒
基因编辑质粒装载基因编辑核心组件（Cas 核酸酶、sgRNA、同源修复模板等），靶向基因组特定位点造成 DNA 断裂，依靠细胞自身 NHEJ 或者 HDR 修复通路，实现基因敲除、敲入、碱基替换、精准修复。 常见类型：CRISPR 敲除质粒 lentiCRISPRv2、CRISPR 激活 / 抑制（CRISPRa/i）载体、碱基编辑载体 BE3、先导编辑 PE 载体等；载体上一般用 U6/H1 启动子驱动 sgRNA，搭配 Cas 蛋白表达框，同源臂模板载体则用来满足精准敲入需求。
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