染色质免疫沉淀（ChIP）结合定量聚合酶链式反应（qPCR）是一种广泛应用于表观遗传学和基因调控研究的技术，本文由普拉特泽生物给大家解答与分享，普拉特泽生物分子检测平台可承接各种表达检测外包服务，包括检测ELISA、Western Blot、DNA甲基化等实验外包服务，本文是我们在完成几千例ELISA实验后

根据实验员操作过程中的常见问题与大家留言咨询最多的问题进行回答与建议，快来学习吧！

一. ChIP-qPCR实验概述

ChIP-qPCR主要包括以下步骤：

交联与染色质片段化：使用甲醛固定蛋白质-DNA复合物，并通过超声或酶切将染色质片段化。

免疫沉淀（IP）：用特异性抗体富集目标蛋白结合的DNA片段。

DNA纯化：解交联并纯化DNA。

qPCR定量：使用qPCR检测目标DNA片段的富集程度。

二. ChIP-qPCR数据定量方法

ChIP-qPCR的数据分析通常采用相对定量法，主要计算方法包括：

（1）ΔCt法（输入对照法）

输入DNA（Input DNA）：代表染色质总量，作为内参对照。

计算公式：

（2）ΔΔCt法（标准化至对照样本）

适用于比较不同实验组（如处理组 vs 对照组）：

（3）百分比输入法（% Input）

计算ChIP DNA占Input DNA的比例：

三. ChIP-qPCR数据分析步骤

（1）数据预处理

• 检查qPCR扩增曲线和熔解曲线，确保特异性。

• 计算各样本的Ct值（阈值循环数）。

（2）计算富集倍数

• 使用ΔCt法或ΔΔCt法计算目标区域的富集情况。

• 比较不同实验组间的差异（如处理组 vs 对照组）。

（3）统计分析与可视化

• 采用t检验或ANOVA进行组间差异显著性分析。

• 使用柱状图或折线图展示富集倍数变化。

（4）质量控制

• 阴性对照：使用非特异性抗体（如IgG）评估背景信号。

• 阳性对照：选择已知结合位点验证实验有效性。



四. 常见问题与解决方案

5. 结论

ChIP-qPCR是研究蛋白质-DNA相互作用的重要技术，准确的数据定量与严谨的分析步骤对实验结果的可信度至关重要。通过合理选择计算方法（ΔCt、ΔΔCt或% Input）并结合适当的统计检验，研究者可以可靠地评估目标蛋白的DNA结合情况

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好，ChIP实验与qPCR结合使用就介绍到这里啦~

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