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QPCR数据分析以及作图方法

2024-01-11 14:23:33

来源/作者:普拉特泽-生物医学整体课题外包平台

  大家好!今天普拉特泽生物带大家学习的是QPCR数据分析以及作图方法。QPCR(实时荧光定量聚合酶链式反应)已成为生物医学研究中的重要工具。然而,QPCR数据分析以及作图方法的正确运用对于实验结果解读至关重要。普拉特泽生物——表达检测平台可承接:实时荧光定量PCR、DNA甲基化检测、Western blot 蛋白质免疫印迹、ELISA酶联免疫吸附、SNP、支原体检测等分子相关实验服务,本文将详细介绍QPCR数据分析以及作图方法,帮助你从入门到精通。


1、QPCR数据分析:从原始数据到标准化

(1)原始数据提取:首先,你需要从实验中获取原始的qPCR数据,通常是以Ct值的形式。这些数据反映了不同基因在不同样本中的表达水平。

(2)数据清洗:在数据分析之前,需要对原始数据进行清洗,剔除异常值和低质量的数据点。这一步至关重要,否则会影响后续分析的准确性。

(3)阈值设定:选择合适的阈值是关键。一般来说,阈值设定在30左右比较合适,但具体要根据实验情况和数据分布来确定。

(4)数据分析:将Ct值转换为相对表达量。常用的方法是使用软件(如qBase Plus)进行自动转换,也可以手动进行计算。

(5)标准化:为了便于比较不同样本之间的基因表达水平,需要对数据进行标准化处理。常用的标准化方法有内参基因法和2^-△△CT法。


2、QPCR数据作图:让数据可视化更直观

(1)柱状图:展示不同基因在不同样本中的表达量。通过柱状图的对比,可以直观地看出基因表达的差异。

(2)散点图:用于展示两个变量之间的关系。比如可以绘制基因表达量和样本生理指标之间的散点图,探究它们之间的关联。

(3)箱线图:用于展示一组数据的分布情况。通过箱线图可以直观地看出数据的中位数、四分位数等统计指标。

(4)热图:将基因表达量以矩阵的形式进行可视化。通过颜色的深浅可以直观地看出基因表达的差异,适用于大规模数据的展示。


3、作图技巧揭秘

①色彩选择:选择对比度适中、易于辨识的颜色。同时,要注意色彩的可读性和心理感受,避免造成误导。

②标题和标签:为图表添加清晰、简洁的标题和标签,方便读者理解图表内容。

图例:对于包含多个变量的图表,需要添加图例来解释不同颜色或标记的含义。

数据来源标注:在图表下方或合适的位置标注数据来源,增加图表的可信度。

⑥细节处理:注意图表中线条、形状等元素的细节处理,提高图表的美观度和专业性。

4、实战演练:QPCR数据分析与作图的完美结合

①准备数据:整理你的QPCR实验数据,包括Ct值、样本信息、基因信息等。

②数据处理和标准化:按照前面的方法进行数据处理和标准化。

③数据可视化:选择合适的图表类型进行作图。比如,对于比较不同基因表达量的任务,可以使用柱状图;对于探究基因与生理指标之间关系的问题,可以使用散点图。

④结果解读与展示:将作图结果进行排版和美化,以便于论文发表或报告展示。同时,要仔细解读图表中的信息,挖掘其中的科学意义。


通过以上步骤,相信你已经掌握了QPCR数据分析以及作图的精髓。现在不妨试试手头的数据,跟着普拉特泽生物一起做实验吧,如果您在实验过程中遇到技术问题,或者需要实验外包代做,可与我们技术老师联系18570028002(微信同号)