大家好！今天我们分享的就是分子检测中的CHIP实操注意事项，本文由普拉特泽生物分子检测平台为大家总结分享。CHIP作为咱们的常规实验，也已经接了无数个外包的CHIP实验了，每次实验前总是有人跟技术吐槽，明明我就是照着人家操作步骤做的呀，为什么我的结果就出不来或者一点都不理想呢？难道人家分享步骤的时候缺了一点独门秘方不外传的吗？

   本文从培养基内活细胞数量、交联时间长短、消化后的片段大小、抗体的种类和特异性、常规实验操作技术等六个方面给大家详细讲解chip实验操作过程中的注意事项，让大家都能做好CHIP实验，得到一个好的结果。

   首先，活细胞的数量。

   研究的DNA-蛋白丰度直接决定了CHIP实验所需的细胞数量，没有固定的数量标准，这些都需要预实验充分摸索。活细胞计数后，如果最终用于CHIP实验的细胞数量太高，将直接导致甲醛交联时间增加，间接导致细胞数量/微球菌核酸酶比例增大，这些均可造成裂解的DNA小片段过长（超过1000bp），实验处理过程中极易丢失这些片段，最终也会造成PCR检测困难或失败。最佳的DNA片段长度是150bp-300bp。相反，如果过细胞数量太少，则导致细胞数量/微球菌核酸酶比例减小，最终得到的DNA片段极可能小于100bp。

   然后，甲醛交联时间。

   1%终浓度的甲醛交联时间推荐5-6分钟。时间过久，会造成裂解的DNA小片段过长（超过1000bp）。时间太短，会导致交联不完全，实验过程中导致一部分的DNA-蛋白质复合物分离，最终分析的结果必然是不准确的。

   第三，对照组的设置。

   CHIP实验内对照：染色质断裂后，须按一定比例留取部分染色质溶液，此Input DNA（断裂后的基因组DNA）作为CHIP实验的内对照。内对照不仅可以验证染色质断裂的效果。如果按照取样比例换算，还可以根据Input DNA中靶序列的含量和染色质沉淀中的靶序列含量，推算CHIP实验效率，所以Input内对照是必须要设置的。

   阳性抗体对照：目的抗体沉淀DNA-蛋白复合物时，必须需设置阳性抗体对照组。阳性抗体通常选择与已知序列相结合的、各物种之间比较保守的蛋白抗体，常用组蛋白抗体。

   抗体阴性对照：目的抗体沉淀蛋白DNA复合物时，必须需设置阴性抗体对照组。阴性对照所使用的抗体可以选择目的蛋白抗体宿主的血清蛋白。

   第四、目标蛋白抗体

   CHIP实验中，一定一定要使用已经过CHIP验证的抗体，因为染色质沉淀步骤时，蛋白和DNA处在交联状态，目标蛋白的结合位点形成空间阻碍，导致抗体无法与目标蛋白结合形成复合物。此外，抗体的浓度、孵育时间、孵育温度需要根据目标蛋白的丰度决定。目标蛋白丰度较低时，可能需要调整活细胞数量、过夜4℃孵育等。

   第五、常规实验操作

   CHIP实验过程较长，过程繁琐，需要反复的洗柱、离心、吸液、换管、孵育、震荡。操作说起来很简单，但是每一步都需要小心操作，非常考验基本功，希望大家多多注意。

   第六步、实验结果分析

   对于Input DNA组，采用1.8%琼脂糖凝胶电泳，结果应该是片段集中于150bp到350bp之间，这样长度的DNA片段才是符合要求的。进一步，内对照组、阴性抗体对照组、阳性抗体对照组的纯化DNA先采用PCR扩增，随后通过1.8%琼脂糖凝胶电泳，得到的结果应该是这样的：空白对照组无条带、阴性抗体对照组条带若或无、内对照组强条带、阳性对照组看到强条带。只有这样的结果才是成功的。后续才能进行RT-PCR实验。

   滴滴滴，CHIP实验操作的注意事项我们就讲完啦！只有把这六个方面全部抓住，你的chip结果才能好看又高质，如果您觉得有难度，普拉特泽也可以给您代做CHIP实验哦，一定能给您交出一份满意的实验报告，您想自己亲力亲为我们也给大家准备了视频教程，点击《CHIP 实验理论+实操》赶紧学起来吧！