在上一期中，为大家介绍了组蛋白甲基化和RBP两种lncRNA机制研究的新切入点，估摸着也都忘得差不多了，不如先来复习一下：

    如果脑子一片空白，请回看上一篇：

让你的lncRNA摆脱miRNA的束缚（上）

    这期我们继续了解一种套路：lncRNA与转录因子。

    PS：本来这一期是要把剩下两种机制都讲完的，但是上期发布后收到许多的反馈表示内容实在太多了，脆弱的注意力根本遭不住，所以我们贴心地为各位拆成了两篇来发布。

LncRNA与转录因子（transcriptional factor）

本节关键词：HIF-1α， YB1，BX111，ZEB1

本节相关文献：Hypoxia-induced LncRNA-BX111 promotes metastasis and progression of pancreatic cancer through regulating ZEB1 transcription，oncogene.

    转录因子（transcription factor）其实是一类大家比较熟悉的蛋白了，其通过结合靶基因启动子的相关位点，能够促进基因的表达。本节选取的范例文章发表于2018年的oncogene，同时从转录因子对lncRNA的调控以及lncRNA对转录因子的调控两个方面展示了lncRNA与转录因子的研究套路，是一篇说明lncRNA与转录因子相互作用的非常好的范文。

    我们还是先通过下面的机制模式图，对思路有个大概的了解。（TF：转录因子）

    好了，我们来看看作者具体是怎么操作的。

    首先，作者通过catRAPID这个预测软件，发现lncRNA 可能与YB1结合（4a）以及转录因子YB1在ZEB1这个基因的启动子区域存在结合位点。然后，通过临床数据分析，发现YB1与ZEB1（4c）以及BX111与YB1（4d）存在正相关，但BX111与YB1不存在正相关（4e）（注意这里的D图作者使用了starbase里TCGA的数据分析）。接着，还是老两样，作者通过RIP和RNA pull down验证了BX111与YB1的结合（4f，4g，4h），值得注意的是，在h图中作者也用了三种不同的BX111的片段，来确认结合的具体位置。

    在确认了BX111与YB1的结合后，作者先是通过WB验证了YB1对ZEB1的表达的调控（5a，5b），利用CHIP验证了YB1在ZEB1启动子区域的结合（5c），利用双荧光素酶实验验证了YB1对ZEB1的转录活性的调控（5d）。接下来通过敲降BX111，利用CHIP实验发现BX111敲降后，YB1在ZEB1的启动子区域的结合降低（5e）；最后通过同时敲降BX111与过表达YB1，验证了BX111对ZEB1的调控依赖于YB1（5f，5g，5h）。至此，作者验证了BX111-YB1-ZEB1这一功能轴。

    是不是觉得有点眼熟呢，对，我们可以把这里的转录因子类比成EZH2，只是前者是促进基因的转录，后者是抑制基因的转录，但是中间用到的方法和设计的逻辑，都是非常类似的。PS：在这里也忍住不想夸赞一句，本文的作者，对于分组，以及实验的安排都十分的详尽和合理，非常具有借鉴意义。

    作者做完了上面一套完整的机制，似乎还有点意犹未尽的感觉，灵机一动，在BX111上游找到了一个转录因子，也就是大名鼎鼎的缺氧诱导因子HIF-1α。如下图6a所示，在BX111的启动子区域存在与HIF-1α结合的片段。同时，在缺氧刺激的情况下（hypoxia以及CoCl造模），BX111以及HIF-1α均存在上升的趋势（6b）。

    而通过qPCR以及FISH检测，作者证实了HIF-1α的沉默能够降低BX111的表达（6c，6d）。最后，通过CHIP实验，作者验证了缺氧能够诱导HIF-1α以及Pol II在BX111的启动子区域结合增多（6e，6f）；通过双荧光素酶实验，验证了缺氧能够升高BX111的转录活性，而这些结果均能够被HIF-1α的敲降所抑制（6g）。

至此，通过又一套完整的设计，作者得出了缺氧诱导的HIF-1α能够促进BX111的转录的结论。

    结合上半部分的结果，我们可以跟着下面所展示的作者绘制的机制图，再梳理一遍lncRNA与转录因子的套路：

    如果要做转录因子在lncRNA上游，找到一个可以与lncRNA启动子区域结合的转录因子，通过CHIP验证其两者的结合，通过双荧光素酶实验验证转录调控，qPCR验证转录因子对lncRNA表达的调控。

    如果要做转录因子在lncRNA下游，先通过预测找到一个可以与lncRNA本身结合的转录因子，通过RIP和RNA pull down证实其结合，通过WB，qPCR, CHIP，双荧光素酶实验证实lncRNA对转录因子对下游靶基因表达的调控。

     关于lncRNA与转录因子的技术总结

    1. LncRNA可以受转录因子的调控，也可以调控转录因子的功能，这两种功能可以单独成文，也可以串起来增加文章的丰度。

    2. 由于肿瘤的缺氧特性，HIF-1α是最常用作lncRNA的上游调控的转录因子，除了HIF-1α外，还有SP1, P53，也常有文献报道。

    3. 上述这篇文献的实验设计很精致，可以作为此套路的范例参考。